1.学校投入主体不一样，民办学校是个人或者企业出资兴建，政府会给予一定补助；公办学校是国家投资兴建，不需要偿还借款。

（这个政策是去年开始转变的）2.收费依据不一样，民办学校按照物价局制定的学费标准收取费用，学校收取的费用需要交纳一定的税费；公办学校实行“一费制”，就是学生在学校所有的费用加起来，只交这么多钱(包含住宿费)，多退少补，学费收费标准低于民办学校。所以，从上学到毕业，在公办学校比在民办学校要多花近万元。 不过，现在国家鼓励民办教育的发展，对民办院校的支持力度逐渐增大，像北京、上海等大城市的民办院校都相继得到了政府的经费支持。3.社会认可度问题，一直以来人们对于民办院校的承认程度都低于公办院校，认为民办院校办学水平差、教育质量低，这种观念不仅影响着人们对民办院校的看法，而且还直接影响到学生们填报志愿时的选择，所以说公办院校的社会认可度是高于民办院校的。 但如今时代已发生了变化，国家对民办教育的重视程度正逐步提高。随着民办院校硬件设施投资的增加，教学管理的完善，师资力量建设力度的加大，民办院校的办学水平有了很大的提高，许多学校取得了令人满意的成效。不能简单的认定所有民办院校都是垃圾，说民办院校不如公办院校，这种认识是片面的，也是不符合实际的。4.招生方式的不同，公办高校一般通过高考统一招生，录取工作由国家统一安排进行；而民办公办大学区别主要在于招生人数不同，由于民办学校没有计划限制，因此可以实行多规模、少人数的教学模式，满足更多学生的需求。另外，部分民办学校还可以自主设置招生专业及计划，更好地适应社会的需要。公办院校和民办院校在奖学金、助学金以及助学贷款等方面也有区别。