北京大学现代农学院下设四个学科：分子农学系、食物与应用经济系，智慧农业系、食物营养与安全系。

北京大学现代农学院为学校独立建制的教学科研实体单位，重点发展农业交叉学科研究与人才培养，着力解决现代农业产业发展中面临的重大科学问题和瓶颈问题，建设集基础理论、产业应用、战略政策为一体的高端人才培养基地，为国家新农村发展提供基础理论、核心技术、骨干人才和政策咨询支撑。