一、培养要求不同。
工学硕士：统招工科类研究生，侧重于基础理论学习和学术研究。理学硕士：专攻理科方向（如数学、物理、力学、化学、生物学、天文学、地学等专业）的硕士研究生。
二、所属科别不同。工学硕士：工学硕士招收的是工科类专业的本科生。理学硕士：理学硕士招收的是理科类专业的本科生。硕士分类学术硕士我国学术型学位按招生学科门类分为哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、艺术学、农学、医学、军事学、管理等13大类，13大类下面再分为88个一级学科，88个一级学科下面再细分为300多个二级学科，同时还有招生单位自行设立的760多个二级学科。硕士专业硕士学位主要包括：工商管理硕士专业学位（MBA）、公共管理硕士专业学位（MPA）、工程硕士（ME）、法律硕士（J.M）、会计硕士专业学位（MPACC）、公共卫生硕士专业学位（MPH）、汉语国际教育硕士（MTCSOL）、农业硕士专业学位、兽医硕士专业学位、教育硕士专业学位、艺术硕士专业学位、体育硕士专业学位、风景园林硕士专业学位等。专业硕士是我国研究生教育的一种形式。根据国务院学位委员会的定位，专业学位为具有职业背景的学位，培养特定职业高层次专门人才。
