故事情节：在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。
突然有个戴着假面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害;与此事件同时，大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团“源氏萤”的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名“义经”，部下则以“弁庆”为首，各自以家将姓名相称。 另一方面，小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前，位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃，寺院的住持委托他们解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像，因而请来了小五郎帮忙。 《Time after time~花舞う街で~》该单曲由仓木麻衣本人作词，歌词围绕“樱花”这一主题撰写。据仓木麻衣所说，她对京都美好的四季有着强烈的感觉，在就读于立命馆大学时，她看到樱花纷飞的美景并有感而发。此外，由于这首歌在发行之时被唱片公司作为动画电影《名侦探柯南：迷宫的十字路》的主题曲，因而仓木麻衣在创作过程中也结合了电影中服部平次和远山和叶的恋情。
