没有区别！ 圆珠笔是“大陆”的统一官方语！ 原子笔是“日港台”等地的泊来语！ 由于众所周知的改革开放和“赶时髦”的“品牌”现象，导致了很多词汇的使用上的混乱，和崇洋媚外！ 比较典型的例子就是“家具”叫成“傢俬”；中文名字不用，起个拼音装“进口”、“合资”；还有许多的网络语言等等！ 而根据圆珠和原子的其它影射意义和象形解释，“原子笔”的名称被规范掉是必然趋势，因为原子本身就是一特定的名词，对于日语那种不规范的汉语系统来说，他们的词汇量和使用规范等确实有限，不足为取！而从“圆珠笔”的构造、原理上来看，就是利用笔尖的一个小的，卡在笔尖体内可以滚动的滚珠的书写时的滚动“粘取”笔芯内的油、液，从而书写出笔迹！故而根据其设计原理是使用特点命名！