学校创建于1896年。

原名南洋公学，是中国高等教育的多个源头之一；1911年更名为南洋大学堂，1929年更名为国立交通大学，1949年更名为交通大学；1955年，学校迁往西安，分为交通大学上海部分和西安部分；1959年两部分独立建制，上海部分启用“上海交通大学”校名；1999年，原上海农学院并入；2005年，与原上海第二医科大学合并。