在英语中，“over”和“through”这两个词都有“穿过”的含义，但它们的使用场景有所不同。

“over”这个词通常用于描述从一个物体的上方或正上方经过或穿过。例如，“飞越”、“走过”等。在描述船只穿过桥底的情况时，“over”通常是指船只从桥的正上方或靠近桥的上方经过，而不是从桥的下方穿过。“through”这个词则通常用于描述从一个物体的内部或中间穿过。例如，“穿过隧道”、“穿过森林”等。如果描述船只从桥的下方穿过，通常会使用“through”。所以，根据语境和描述的精确性，选择使用“over”而不是“through”来描述船只从桥底经过的情况是正确的。