1957年，应医学院建设和发展布局的需要，国家高等教育部和卫生部将南通医学院整建制搬迁至苏州，更名为苏州医学院。

经过几代人的不懈努力，苏州医学院成长为享誉国内外的以核医学和放射医学、核技术和生物技术为特色的医工结合、文理相通的综合性医学院校，是国务院首批可同时授予博士、硕士、学士三级学位的院校之一，也是国家首批获准授予在职攻读硕士学位和临床医学专业硕士学位的单位之一。自1957年至2000年，苏州医学院先后培养了全日制本专科生12214名，研究生1502名，成教学生上万名，为苏州市、江苏省乃至全国输送了大量优秀的医学人才。2000年，应国家高等教育改革之需，苏州医学院并入苏州大学。2008年，苏州大学整合医学、生命科学等相关学科，组成苏州大学医学部，开启了综合性大学举办医学教育的全新探索。医学部现有基础医学与生物科学学院、放射医学与防护学院、公共卫生学院、药学院、护理学院等5个学院、3个临床医学院、9个研究院所和巴斯德学院。在校硕博研究生、本科生和外国留学生共近万名。