学校始建于1952年，前身是黑龙江省交通厅所属的黑龙江交通高等专科学校和原冶金部所属的哈尔滨工程高等专科学校。

2000年3月，经教育部批准，合并组建更名为黑龙江工程学院，是一所以工为主、多学科协调发展的省属全日制普通本科院校。截至2021年4月，学院总占地面积近80万平方米，图书馆藏书100余万册；有教职工1260余人，全日制在校本科生12000余人；设有16个教学单位，开设50余个本科专业；有博士后科研工作站2个。