菏泽市拥有多所音乐学校，其中比较知名的有菏泽市音乐学校、山东现代音乐学院菏泽分院等。

菏泽市音乐学校是菏泽市文化厅直属的音乐教育单位，设有钢琴、电子琴、声乐、手风琴、小提琴等多个专业，拥有一支由多名资深教师组成的师资队伍。山东现代音乐学院菏泽分院依托山东现代音乐学院，开设有流行唱法、爵士舞蹈等专业，是菏泽地区较为先进的现代音乐教育机构之一。