按平均水平而言应该是东大，但是按专业来看可不一定了。

日本的顶级大学联盟RU11，相当于中国的C9联盟。其中，东大=北大，京大=清华。

日本最好的大学无疑是东京大学，综合实力，国百际排名都是日本第一。东京大学（the University of Tokyo）简称东大（と度うだい），是日本的一所国立大学问，也是亚洲创办最早的大学之一，其前身是明治时期答创办的东京版开成学校和东京医科学校。学校于1684年创立，1877年改制为大学。 东京大学为日本权第一所依照现代学制设立的大学，也是日本的最高学术殿堂。