林肯大学的校徽最上面的Y字形图案和十字架图案，Y代表了主教穿的法衣，含义相同。

事实上，林肯大学前身是坎特伯雷农学院，从坎特伯雷大学分离出来后自立门户，校徽上的相似也体现了两校的关联。徽章中间的羊头和牛头，以及下面的谷束(sheaf)体现了畜牧业(pastoral industry)对这个地区以及对林肯大学的重要地位。现在，林肯大学已经成为南半球最著名的农业大学，该校的定位是New Zealand's specialist land-based university。最后，校徽中间的研钵和研棒(a mortar and pestle)象征了Science科学。