农村合作社的公章要由理事长保管，农民专业合作社章程中有规定。

农民专业合作社章程是按照《农民专业合作社法》的规定严格执行，是全体社员共同执行有效制度。专业合作社设有理事长，副理事长，理事，监事长，总经理，理事长可以兼任总经理。理事长（总经理）对全体社员负责，现在我们国家每年都有对农业职业经理人免费培训工程，农业职业经理人相当于其他企业的经理，是农业领域的白领。合作社必须要有一个核心的领导者，要有一个核心的团队。农业职业经理人，可以胜任合作社理事长、经理的工作，农业要发展，必须要有更多的爱农业，学农业，懂农业，投身于农业的新型职业农民投身于农业战线。