南山区位于深圳市中西部，东南隔深圳湾与香港元朗比邻，西南隔珠江口与澳门、珠海相望，海岸线43.7千米，南山区是深圳市科研，教育，体育中心；是深圳大学，深圳大学城，深圳市高新技术产业园，征文体育中心所在地。

南山区的海边有著名的红树林，因此南山区附近有海。