日本学士院由“会员（Members）”组成，会员为终身荣誉。

会员实行定员制，最初1879年东京学士院定员为40人，1906年帝国学士院定员为60人，1925年又扩展至100人，1949年日本学士院定员为150人，此额度后被写入1956年的《日本学士院法》，至今未曾变更。会员根据所属专业不同分为两个学部：人文与社会科学部（Humanities and Social Sciences），定员为70人；纯科学及其应用学部（Pure Sciences and Their Applications），定员为80人。两个学部下面的分学部也进行了定员，由于遵循“宁缺毋滥”的原则，通常会出现缺员的现象。日本学士院现只有128位，缺22人名额。