本科专业有计算机科学与技术专业，信息安全专业，软件工程专业。

研究生专业有计算机系统结构专业，计算机软件与理论专业，计算机应用技术专业，计算机技术专业。复旦大学计算机学科始于1956年自主建造国内第一台电子模拟计算机，1975年，复旦大学成立计算机科学系，2008年，学校整合校内所有计算机学科力量，成立计算机科学技术学院。