中山大学深圳校区和本部户口区别在于中山大学不一定全部都有广州户口，如果是在珠海校区念书，挂的户口是珠海的。

念书于中山大学深圳校区挂的户口是深圳的。若在南校区、东校区、北校区念书的话，挂靠的户口是广州户口。至于是否挂靠学校的户口纯属个人的自愿，也可以保留自己的原籍。