本质上没有区别。

两者都是中山大学的组成部分，颁发中山大学毕业证书，都是一模一样的。只是教学地址不同，校区内所有教师全部由校本部派出，所有学生由中山大学统一招生，所有教学计划、教学要求、培养模式实行全校统一。有区别的：大学校区不同、创建时间不同、直属单位不同。