两所院校均是国家“双一流”、“985工程”、“211工程”重点建设高校，具体比较如下:

1、院校排名:西安交通大学QS世界大学排名（2023年）国际排名第302位南京大学QS世界大学排名（2023年）国际排名第133位西安交通大学软科中国最佳大学排名（2022）全国第10名南京大学软科大学（2022）中国最好大学排名中国第6名从排名上，南京大学稍稍领先。

2、院校科目:西安交通大学王牌学科: 机械工业、材料科学与工程、动力工程与工程热物理、电气工程、控制科学与工程、管理科学与工程、商业管理。南京大学王牌学科:哲理、理论经济学、中国语文研究、外国语言文学、物理学化学天文学大气科学地质学生物学、材料科学与工程、计算机科学与技术、化学工程技术、采矿工程、环境科学与工程、图书馆信息与档案管理。南京大学王牌学科更多些。从以上来看，南京大学略胜一筹。