原名上海圣约翰书院，由美国圣公会上海主教施约瑟（S.J.Sekoresehewsky）将圣公会原辖的培雅书院（1865年）和度恩书院（1866年）合并而成。

圣约翰的校训初为“Light and Truth”（光与真理），后加上“学而不思则罔，思而不学则殆”。前半句出自基督教信仰，后半句则为孔子名言。