新西兰生态系统的多样性正遭受破坏，表现在量的减少和质的退化两个方面。

被称为“自然之肾”的湿地在蓄洪防旱、调节气候、控制土壤侵蚀、降解环境污染等方面起着极其重要的作用，同时也是被人类开发得最剧烈的生态系统之一。新西兰有90％的湿地自欧洲殖民时代以来已经丧失，森林面积减少和被破坏的情况也十分严重。