申请港澳通行证的理由可以选择探亲、旅游、商务、学习等。

如果是探亲，可以说明与港澳居民的亲属关系，希望与家人团聚；如果是旅游，可以强调对港澳的文化、风景等方面的兴趣，希望体验不同的生活方式；如果是商务，可以说明与港澳企业有合作意向，希望洽谈业务合作；如果是学习，可以说明在港澳的学习机会和资源更加丰富，希望提升自己的学术水平。总之，申请理由应该明确、真实，并与个人情况相符。