有影响，护照与港澳通行证的作用和价格一样,办理方法也一样。申请办理时二者没有冲突，可以同时办理。

区别是：

护照是中国公民在中国以外的其他【主权国家】使用的身份证件。

通行证是在国内的【特别行政区】使用的身份证件。

香港、澳门的主权属于中国，所以中国公民去这二个地方不能使用护照。

不影响护照。港澳通行证是中国公民前往香港、澳门地区旅游、商务等所需的证件，不同于护照。持有港澳通行证不会影响护照的使用，持有护照的中国公民仍可前往其他国家和地区旅行、学习、工作等。