在大学期间，牛顿喜爱阅读书籍，除了伽利略、百笛卡尔、沃利斯的著作，牛顿还抽出时间仔细阅读了玛吉拉斯度的经院哲学概论。

在保存至今的牛顿在三一学院的笔记中有用希腊文写的关于亚里士多德的问《工具论》和《伦理学》的注释。他还自己编答了一套《哲学问题集》。除此之内外，牛顿还颇有兴趣地研究了音乐理论、圣经学和其它一些问题。顿的大学生活，为他后来在科容学研究领域的全部工作奠定了基础。