006年底，完成新馆内容建设方案大纲，确定了常设展览“创新·和谐”的主题，规划了“科学乐园”、“华夏之光”、“探索与发现”、“科技与生活”、“挑战与未来”五个主题展厅以及公共空间科普展示。

2007年5月至6月期间，内容建设方案向社会公布，开通热线电话、网上专栏和论坛等形式向社会各界广泛征求意见和建议，并举办了常设展览展区创意竞赛，共有22家国内外公司参与，征集创意方案共计64个。

9月完成了新馆常设展览方案的设计工作，并由国内专家委员会审议通过。经过一年多的紧张制作，2009年4月，各展区布展公司进入新馆，开始布展施工。

6月，展品陆续进场进行安装调试