从2003年8月的统计数据来看，制药工程专业在各省市的分布不是十分均衡的，最多的江苏省有10所以上的高校设置了制药工程专业，但是全国却有近1/5的省、自治区则没有设置该专业。

各大区高校的制药工程专业设置也不均匀，其中，华东地区所占比例最高，达到了1/3，华北地区次之，东北地区排列第三，而西北地区和华南地区则相对较e79fa5e98193e78988e69d8331333339666666少。这些制药工程专业的设置数量在某种程度上可能与该地区高校数量、办学能力、该地区的制药工业或者经济发展状况有一定的相关性。设置制药工程专业的高校分成五类：理工类大学，综合性大学，医药类院校，高等专科学校，其他类型高校（如农学院、商学院等）。设置制药工程专业最多的是理工类大学，其次是综合性大学，然后是医药类院校。在这些设置制药工程专业的高校中，设有药学院系的高校约占30%左右，而设置工科院系的高校占60%以上。虽然制药工程专业是工科专业，需要有较强的工科办学背景，同时也要求设置制药工程专业的学校应该具备一定的药学方面的教学与研究基础。但是很明显，能同时达到这两个要求的学校并不是很多。不同类型的学校会有不同的办学背景、办学理念、办学模式、办学基础、办学环境、办学质量和办学规模，从而会出现不同的培养方案、教学计划、教学内容、课程设置等，特别对于那些专业转型的学校，会在较长时间内受到原专业的影响。但是必须强调的是，不管这些院校的办学背景如何，制药工程作为一个新的专业必定有它特定的含义和办学要求，其专业的覆盖面必定会比原来各自的“母专业”有所扩展和变化，有些是量的变化，有些则必须实现质的变化。因此，每个学校都有一个重新审视、规划和规范化的过程，对其办学基础、办学环境、办学质量和办学规模也必须有相应的要求。随着医药工业的发展和制药技术的提高，对制药工程专业的人才培养也应该有新的要求。