主要是两者使用的范围不同。护照是由公安部出入境管理局签发，标明个人身份信息和记载到达过哪些国家等的证书，它是出国人员的身份证件。

通行证一般是禁行地区的通行证件比如经济特区深圳珠海需要申领特区通行证和个人身份证合并使用，才可以前往。

护照：是持证人本国签发的用以在海外表示持证人身份和国籍信息的，相当于在海外使用的身份证。通常当作通关的证件使用。

通行证：和护照性质类似，但是使用范围受限也比较特殊，一般是在特定地区使用，不一定是海外，比如港澳通行证是在港澳地区使用、台湾通行证在台湾使用。类似的还有边防证，在大陆地区部分边境地区使用。

区别是：

护照是中国公民在中国以外的其他【主权国家】使用的身份证件。

通行证是在国内的【特别行政区】使用的身份证件。

香港、澳门的主权属于中国，所以中国公民去这二个地方不能使用护照。

出入境通行证跟护照都是身份证件，但是用途不同。出入境通行证是指出入港澳通行证，出入台湾通行证，只能出入指定的特区。护照是指出入国境的有效证件，出入国境，跟在国外使用。