云南省境内有大小河流600多条，主要的180多条，多为入海河流的上游。

他们分属于伊洛瓦底江、怒江、澜沧江、金沙江、红河和珠江六大水系，其集水面积遍于全省。伊洛瓦底江上游在云南境内，该水系流经怒江、保山、德宏3个地州，大的支流有独龙江(在省内长80公里)、大盈江(省内河长186.1公里)、龙江(陇川江和瑞丽江，省内干流长332公里)，这3条支流都在滇西地区。怒江又名潞江，经怒江、保山、临沧、德宏4个地州，从潞西县入缅甸名为萨尔温江，在云南境内干流长547公里。澜沧江流经迪庆、怒江、大理、保山、临沧、思茅、西双版纳等地州，由勐腊县出境入老挝后称湄公河。澜沧江在云南境内干流长1170公里，主要支流有黑惠江(中游段叫漾濞江)、威远江、补远江(罗梭江)、流沙河等。金沙江古称丽水，以盛产金沙而得名。上游叫通天河;从青海玉树县巴塘河口至四川岷江口一段叫金沙江，全长2308公里;宜宾以下称长江。在云南境内长1560公里，支流有龙川江、普渡河、牛栏江和横江等10余条。红河流域多红色的沙页岩地层，水呈红色，故称红河。经大理、楚雄、玉溪、红河、文山、思茅地州珠江上游是北盘江和南盘江。北盘江源于贵州。南盘江源于曲靖马雄山，是珠江正源。流经曲靖、玉溪、昆明、红河、文山。由于云南具有独特的地形地貌，形成从多的天然湖泊，其中面积在30平方公里以上的有：滇池、洱海、抚仙湖、泸沽湖、星云湖、桤鹿湖、呈海、异龙湖、阳宗海等9个高原湖，简称为云南九大高原湖泊。