没有担任任何职务孔令辉2006年正式宣布退役，任中国女子乒乓球队教练。

2013年正式担任中国女子乒乓球队主教练。

2017年5月30日，中国乒乓球协会决定暂停孔令辉中国女乒主教练工作，立即回国接受进一步调查和处理。当年的5月30日，中国乒乓球协会决定暂停孔令辉中国女乒主教练工作，立即回国接受进一步调查和处理。临阵换将乃兵家大忌，如此紧急召回，甚至不让他执导完世乒赛再回国，连“戴罪立功”的机会都不给，可见事情的严重性。