一、在基础研究方面，全面完成了籼稻的全基因组草图和精细图，完成了水稻4号染色体精细图，达到国际领先水平；二、成功地制备了各种准一维纳米材料和纳米结构材料，首次测定了单根纳米碳管和纳米线的径向力学性质；三、在质子滴线区成功合成了β-延发质子滴线核Ho和β-延发质子先驱核Yb两个新核素，这是在合成和鉴别出8种新核素后，取得的又一新的重要成果。

四、在战略高技术方面，自主研制的高性能通用CPU芯片“龙芯1号”总体上达到了90年代中期国际先进水平，初步改变了中国要害部门和关键应用领域中核心芯片受制于人的局面。

五、在社会可持续发展方面，在国际上首次从生产源头上彻底解决了铬盐行业重金属污染的难题，首次实现了铬渣的零排放和铬资源多组份深度利用的生态工业新模式；六、完成了多个重要疾病基因的精细定位，并在世界上首次克隆了人类短指、乳光牙等遗传疾病基因以及大鼠附睾抗菌肽等一批功能基因；七、首次获得了中国成年体细胞克隆牛群体，标志着中国科技人员已经完全掌握了世界一流的体细胞克隆技术，是继日本、新西兰、美国等国家之后掌握体细胞克隆牛的关键技术的少数国家之一，该技术的突破为实现中国家畜克隆胚胎工厂化生产奠定了基础；八、在青藏高原与亚洲季风研究中取得重大突破，揭示了青藏高原阶段性隆升的历史，并指出高原隆升同亚洲季风演化和北半球大冰期密切相关。