中山大学和南京理工大学相比，肯定是中山大学层次高。

中山大学位于广州市，是一所实力很强的综合性大学，九八五和二一一双料大学。南京理工大学位于南京市，是国防七子之一，二一一工程大学，兵器科学是王牌专业，机械、计算机等工科专业在全国也有一定地位，虽然说实力很强，但比起中山大学，还是有较大差距。