林妙妙最后考上了清华大学。

1. 根据小说《少年派的奇幻漂流》，林妙妙是一个非常聪明和努力的学生，因此选择一个顶尖大学是合理的。

2. 清华大学作为中国顶尖的高等教育机构，以其严谨的学术氛围、优质的教学资源和杰出的师资队伍闻名。这使得清华大学成为林妙妙追求高等教育并发展自己的理想的理想选择。

3. 考入清华大学将为林妙妙提供更多的学习和成长机会，帮助她实现自己的梦想，并为她的未来事业奠定坚实的基础。