原吉林大学建校于1946年9月24日，当时校名为东北行政学院；几经变迁，1950年3月31日易名为东北人民大学；1958年8月11日，东北人民大学更名为吉林大学，郭沫若为吉林大学题写校名。

1960年10月22日，中央正式批准吉林大学为国家重点综合性大学。

1984年6月，国务院批准了包括清华大学、北京大学、中山大学、吉林大学等全国22所重点大学首批试办研究院，8月8日吉林大学研究生院成立。新的吉林大学于2000年6月12日由原吉林大学、吉林工业大学、白求恩医科大学、长春科技大学、长春邮电学院合并组建而成。

2004年8月29日，原中国人民解放军军需大学并入吉林大学。

2004年教育部确定包括吉林大学在内的全国34所高校考研自行确定复试录取分数线。吉林大学是具有教授任职资格审批权的高校。