厦大马校有研究生院，计划每年招收1000名研究生。

厦门大学马来西亚分校设有能源与化学工程、信息科学与技术、海洋与环境、汉语言文学、软件学院、经济与管理、医学院，共七个学院，并结合厦门大学的学科优势开设文、商、医、理、工学科领域的22个本科专业，5个硕士点，3个博士点。