化工公用工程及辅助系统存在多种危害。

首先，系统故障可能导致生产中断，造成经济损失。其次，设备泄漏或爆炸可能引发火灾、爆炸事故，威胁人员安全。此外，系统运行过程中产生的废气、废水和废固体可能对环境造成污染，危害生态系统。另外，系统操作不当或维护不到位可能导致工作人员受伤或中毒。因此，必须加强对化工公用工程及辅助系统的安全管理，确保设备正常运行，减少危害发生的可能性。