在北京市，自考申请毕业论文的条件并不统一，各个主考院校可能有不同的规定。

一般情况下，有的主考院校要求考生必须通过所有科目才能申请毕业论文，而有的院校则规定考生通过10科以上就可以申请。甚至有的院校可能允许考生在差两科的情况下申请毕业论文。因此，具体的申请条件需要考生根据自己所选专业的主考院校规定来确定。此外，考生还需要确保所选择专业的全部课程达到合格分数线，并且本科生需要将毕业论文及实践课等全部通过后，才可以申请毕业。有些院校可能还会要求考生完成自考专业所规定的实践性环节课程考核并取得合格成绩，以及思想品德经鉴定符合要求，才能申请毕业论文。