协和与清华是合作关系。

2007年5月18日，中国协和医科大学正式更名为“北京协和医学院”，鉴于与清华大学紧密合作办学的需要，同时使用“北京协和医学院—清华大学医学部”的名称，其原有的隶属领导关系、资产关系和经费管理体制保持不变，北京协和医学院仍为独立法人单位。 中国协和医科大学与清华大学合作办学，但两校并未合并。“北京协和医学院-清华大学医学部”中的“北京协和医学院”部分来自中国协和医科大学，北京协和医学院-清华大学医学部”中的“清华大学医学部”部分来自清华大学医学院。