北京古动物博物馆和自然博物馆是两个不同的博物馆，它们之间主要的区别在于陈展内容。

北京古动物博物馆主要展示恐龙、哺乳动物等古生物化石及其演化历程，以及相关的科学知识和研究成果。而北京自然博物馆则更全面地展示了自然科学的各个领域，包括了植物、动物、地球、天文等多个方面的展览和信息，同时也涵盖了人类文明与自然环境的关系。