中国南海研究院位于海口市江东新区，是以南海为专门研究对象并从事相关学术交流的专业学术研究机构。

其前身是创立于1996年的“海南南海研究中心”。

2004年7月，经国务院批准，“海南南海研究中心”正式更名为“中国南海研究院”，由此迈入新的发展阶段。为进一步拓展南海研究事业，加强和完善学术网络建设，2013年1月研究院成立“中国南海研究院北京分院”。

2016年3月，“中国-东南亚南海研究中心”正式成立，是第一家在我国境内设立的以南海为研究对象的国际合作研究机构。

2017年6月，研究院与武汉大学中国边界与海洋研究院被纳入国家高端智库培育名单。