南开中学目前有四个实验班、四个创新班、两个重点班和两个普通班。

实验班是南开中学的最高层次的班型，主要是培养竞赛尖子生和科研人才，需要通过小卷考试才能进入。创新班是南开中学的另一个特色班型，主要是培养创新思维和综合素质，也需要通过小卷考试才能进入。重点班和普通班则是按照中考录取成绩分班，重点班的分数线要高于普通班，普通班的分数线要高于一般高中。