自2009年起，北航研究生已由公费制改为奖学金制度，分一、二、三等奖学金。

其中：一等奖学金占20%，免学费，每月补助400元；二等奖学金占40%，免学费，每月补助270元；三等奖学金占20%，免一半学费。剩余20%的学生自费。学费共计15000元（学制2.5年），第一学年初交6000元，第二学年初交9000元。评定奖学金的依据是初试与复试的综合排名。保送生一般是一等奖或二等奖。注：以上为2010年的情况，仅供参考，个别院系/专业或有不同。