福建中医药大学在福州有两个校区，分别是屏山校区和旗山校区。

屏山校区具体地址为鼓楼区五四路282号，最近的地铁站是一号线树兜站，校区东门离树兜站B口约340米，步行5分钟左右；旗山校区具体地址为闽侯县上街镇邱阳路1号，最近的地铁站是二号线上街站，校区东南门离上街地铁B口约450米，步行约5分钟。