这是由于历史原因造成的，清华大学长期都是以清华园为基础建立发展的，但是北京大学在建立后经历了1952年的院系调整，校园从北京内城搬迁到西北郊燕园。

再后来的发展中由于清华大学里的科研机构有187个，仪器设备共有32万多个，图书馆的藏书和面积都非常大，所以在地图上，北大的面积就是要比清华大学要小。

因为北大与清华不同的发展战略和历史发展进程，而北大在发展路径上更加注重人才培养以及社会责任，因此其校园面积没有像清华一样大规模地进行扩张。此外，北大的校园建筑布局也更注重学术氛围的营造，因此划分的区域相对紧凑。但是，北大有很多分散的研究单位，如湖北生物中心和深圳研究院等，所以北大的总面积可能会比表面数据更大一些。

因为北大和清华在建校时所选址的地理条件不同，北大选址在城市中心的中关村，面积有限；而清华则选址在北京的北部山区，面积较为宽敞。此外，北大和清华的建校历史和规模也不同，北大建校时间早，是中国最早的现代大学之一，规模在建校初期较小，清华则是后起之秀，在建校时规划了较为宽敞的校园。随着时间的推移，清华扩建了校园面积，而北大则受到城市发展的限制，校园面积始终有限。总体来说，北大面积比清华小是由多种因素综合作用的结果。

因为北大的建校时间比清华早，选址时条件不是那么优越，加之租借土地的限制，所以面积比清华小很多。另外，虽然北大的面积小，但是学校内建筑物布局合理，占地少，保留了更多的绿地和树木，给人一种清新自然的感觉。