北大医院一院五址，分为①门诊楼/急诊楼；②第一住院部（妇产儿童医院）；③第二住院部；④第三住院部；⑤男科中心。

1、妇产儿童医院（北京大学第一医院妇儿门急诊、北京大学第一医院妇产儿童医院）是北大医院的，现有儿科门诊、妇科门诊、产科门诊。儿科病房、妇产科病房、眼科病房、耳鼻喉科病房、皮肤科病房。

2、三部（第一/第二/第三住院部）也是属于北大医院的，现有化疗病房、感染科病房、介入血管外科（血管专业）、小儿眼科、中西医结合/抗感染病房等。

3、北大医院男科中心是北大医院泌尿外科的一个专业，是北大医院的一部分。