相对来说北京大学的博士会比较好，首先北京大学是一个综合类的专业高等院校，是国家重点建设的985211。重点大学他的所有专业在在全国都是非常靠前的，尤其是偏文科类的以及基础性的。

科类相关专业都是非常强的，中科院的博士主要是偏向于理科类的专业，而相对于文科专业没有北京大学更有优势。

总体来看中国科学院博士比北京大学愽士社会识可度更高，所以好一些。北京大学虽然是国内第一大学，综合实力强大，师资力量雄厚，但与中国科学院比较起来，就要逊色一些，中国科学院在自然科学学科科研实力和导师水平，应是国内顶尖级。

中科院的博士和北大博士都很优异，中科院偏向理工科，北大偏向文理科。也就是说的优势不同。关键是你选择的的学科是工科还是理科？主要看他们学科在全国的排名，那个共有学科排名高，你就报哪个。