应该没问题，只要你的刑事案件已经处理完毕，服刑也已经完毕，有关部门没有限制你出境就好。

申请的时候在申请表中是否有犯罪记录选无，也就是隐瞒你的犯罪记录，日本使馆一般来说是无权查看个人的犯罪记录的，签证也无需提交无犯罪记录证明，瞒过去就可以了。