第一，区位不同，一个在南京，一个在北京；

第二，所在的世界名校排名不同，清华北大远高于南京大学

第三，级别不同，清华北大在国人眼里是绝对的高等学府，而南京大学只是重点的高校之一

南京大学和清北比较，有差距但不是很大，仅仅是排位而已，三所大学都是排位前6，南京大学的特色专业甚至比清北还好，所以说三所大学各有千秋。

从排名看，清华北大比南大高。清华北大是中国最顶尖的两所高校，清华大学更是排名亚洲第一。南京大学在我国高校中位居前列。

从学科优势来看，清北学科优势更突出。清华以理工科见长，北大以文理科见长。而南大比较好的学科是文理科，但总体稍逊于北大。

从师资力量方面，清北强于南大。

从招生情况来看，清北生源质量优于南大。