北京检查站是可以用电子身份证的，因为北京检查站主要是为了检查进京人员不能携带危险物品进京，不能带管制刀具进京，严查网上通缉人员建立的，你要是没带身份证，手机上有电子身份证也是可以的，电子身份证不能走自助刷卡机，只能是你把电子身份证交给警察，让警察在警务通上查找，然后才可以进京。

所以说北京检查站是可以用电子身份证的。