蔡元培以教务长代替学长，废除了北大学长制，陈独秀的文科学长职务由此自然取消，继任教授，由校方给假一年。

这是蔡元培迫于内外压力，不得不作出妥协，但是他不愿北大独立办学的形象受到破坏，也不愿陈独秀的去职被看作是北京大学对新文化的压制，用心良苦，给了陈独秀一个体面离开北大的台阶。