北京交通大学创建于1909年，最初名为“北京路桥专门学校”，设立于北京西城区德胜门外的宣武门城楼内。

1910年更名为“交通大学堂”，1912年更名为“交通大学”。

1919年，学校由北平市政府接办，成为国立北平交通大学。

1949年新中国成立后，学校先后隶属于交通部、公路部、交通运输部。

1952年学校迁至北京市海淀区，位于今天的上地地区。

1953年更名为“北京交通学院”，1978年升格为本科高等院校，更名为“北京交通大学”。

2000年，北京交通大学成为“211工程”重点建设高校。

2001年，学校进入“985工程”重点建设高校行列。

2017年，学校成为国家“双一流”高水平应用特色学院建设高校。经过百年的发展，北京交通大学已成为一所以工为主、理工结合、多学科协调发展的研究型全国重点大学，拥有工、理、管、文、法、经、教育、艺术8个学院和1个独立学院。